Der außergerichtliche Vermittler in einer Mediation berechnet für seine Dienste ein Mediatorenhonorar. Dieses Honoror wird normalerweise stundenweise berechnet. Dabei wird auch der Zeitaufwand einbezogen, der für die Erstellung von Protokollen, die Vorbereitung der Mediation und für notwendige Einzelgespräche anfällt.
Allgemein setzt sich das Mediatorenhonorar also aus dem gesamten Zeitaufwand zusammen, der für die Mediation notwendig ist. Zusätzlich kann ein Mediator auch die anfallenden Reise- und Aufenthaltskosten berechnen. Dazu gehören auch Übernachtungskosten und Verpflegung.
Sollten während der Beratungstage Leerlaufzeiten zustande kommen, die von den Auftraggebern verschuldet wurden, müssen diese ebenfalls getragen werden. Ein eventuell notwendiger Co-Mediator kostet meistens weniger, als der Mediator selbst, verlangt aber selbstverständlich auch ein Honorar für seine Leistungen.
Verbände und Institutionen legen die Honorare in Kostenordnungen und Vergütungsverordnungen für Mediationen fest. Bei einigen Verbänden sind die Mediatorenhonorare zusätzlich an den Streitwert gekoppelt. Dann kann es beispielsweise sein, dass der Mediator bei einem Streitwert bis 3.000 Euro ein maximales Honorar erhält. Dies kommt allerdings auf den Verband an.
Einige Mediatoren sind bereit eine Honorar-Vereinbarung mit ihren Auftraggebern zu schließen und ihr Honorar individuell an das Verfahren anzupassen.
Das Mediatorenhonorar muss von allen beteiligten Konfliktparteien gemeinsam getragen werden. Schließlich kommt die Leistung des Mediators auch allen Beteiligten zugute.
Da die Tätigkeit des Mediators von unterschiedlich ausgebildeten Personen ausgeübt werden kann, können auch die Honorare unterschiedlich hoch ausfallen. Meistens fallen die Kosten für ein Gerichtsverfahren deutlich höher aus, als das Mediatorenhonorar bei einer alternativen Mediation.

